Несколько веков позднее японцы вместе с буддизмом освоили это искусство, довели его до совершенства и теперь оно считается традиционно японским. Первые изображения бонсай дословно – хатитуэ, встречаются на свитках позднего периода Камакура (1249-1382 гг.). Только японские садоводы разработали технику выращивания дереьев в миниатюре.
Однако бонсай - не просто растение, настоящий взрослый бонсай, выращенный по всем канонам - это настоящее произведение искусства. Менее распространена такая разновидность бонсай, как ха-ти-но (карликовое дерево). Если бонсай сохраняет пропорции большого дерева и соотношение корневой и поверхностной части растения такие же, как у деревьев в природе, то для "ха-ти-но" характерны причудливые наросты и узлы.

Сейчас для бонсаи используются обычные деревья, маленькими они становятся благодаря постоянным подрезкам и различным другим методам. При этом соотношения размеров корневой системы, ограниченной объёмом плошки, и наземной части бонсай соответствует пропорциям взрослого дерева в природе.

В настоящее время существуют следующие стили бонсая:

Тёккан формальный прямой стиль		Формальный прямой стиль (тёккан) — в этом традиционном стиле ствол остаётся прямым, утолщаясь у корня.
Моёги неформальный прямой стиль		У дерева, выращенного в неформальном прямом стиле (моёги) ветки или ствол могут быть немного искривлены. Верхушка ствола всегда находится на прямой линии, исходящей перпендикулярно земле в том месте, где начинается корень.
Сокан сдвоенный ствол		Сокан («сдвоенный ствол») — представляет собой композицию, отличающуюся от остальных наличием двух стволов. Они могут быть разными по размеру и образовывать одну крону.
Сякан наклонный стиль		Наклонный стиль (сякан) отличается от формального прямого стиля только тем, что рост дерева идёт под углом к земле.
Кенгай каскад		Каскад (кэнгай) имитирует рост деревьев у воды или на горах. В полном каскаде вершина дерева растёт за границей горшка и опускается значительно ниже почвы, находящейся в горшке.
Хан-кенгай полукаскадный стиль		Хан-кенгай — полукаскадный стиль. В полукаскаде поднимающаяся верхушка дерева остается на уровне почвы плошки.
Нэцунари имитирующий стиль		Нэцунари — стиль, имитирующий вид деревьев, у которых часть ствола затоплена или засыпана землёй. Ветки такого растения растут как отдельные деревья.
Литерали (Буджинги) прямой стиль		«Литерали» — характеризуется прямым стволом дерева, с минимумом веток. Литерали — китайское слово, в Японии этот стиль называют бундзин-ги.
Сэкидзёдзю корень на камне		Сэкидзёдзю — «корень на камне» — дерево (часто инжир) растёт на камне. Ствол находится прямо на камне, а корни причудливо оплетают его.
Исизуки растущий-на-камне		Исизуки или «растущий-на-камне» стиль схож со стилем секидзёдзю, но в этом случае корни дерева растут в расщелинах камня. Так как места для корней в этом случае немного, этот стиль используют для иллюстрации выносливости дерева.
Хокидати стиль метлы		Хокидати — «Стиль метлы» — применяется на деревьях с раскидистыми ветвями. Ствол остаётся прямым, а ветки растут вокруг него примерно на 1/3 высоты дерева, вследствие чего листья образуют форму, похожую на шар.
Ёсэ Оэ группа деревьев		«Ёсэ Оэ» или группа деревьев — стиль, в котором несколько деревьев выращивают в одном горшке. Количество их может варьироваться, но почти никогда не бывает равно 4 (слово «си» — «четыре» на японском созвучно со словом «смерть»). Часто в горшок сажают деревья одного и того же вида, а красота композиции заключается в сочетании высот и возрастов этих деревьев.
Икадабуки многоствольный стиль		Многоствольный стиль, икадабуки, отличается тем, что все стволы дерева растут из одного корня. Они формируют раскидистую крону, а самый мощный ствол образует вершину

Направление роста и формирование бонсай достигается как правило, перевязкой дерева проволокой и подрезкой ветвей. Обрезку нужно проводить очень осторожно, чтобы не погубить дерево. Место обрезки выбирается только после тщательного обследования почек или побегов.После обрезки новый побег появляется из ближайшей к срезу верхней почки. Обрезку нужно проводить только очень острым инструментом.

Из-за ограниченного пространства горшка полив бонсай производят очень осторожно.Полив влаголюбивых деревьев приходится делать узкой струйкой и почаще. Засухоустойчивые деревья в уходе более просты.Пересаживают бонсай обычно раз в 2 года весной. С перевязкой дерева тоже нужно быть очень осторожным. Кольца проволоки должны обвивать ствол туго, но не слишком, чтобы не допустить врастания.Толщина проволоки должна быть соразмерной толщине ветки и направление накладывания проволоки на бонсай должно идти снизу вверх. Почва для бонсай обычно используется лёгкая и рассыпчатая. Лучше составить разнообразную почву из различных наполнителей, обязательно использовать дренаж, чтобы вода свободно стекала в поддон.Некоторые виды деревьев плохо переносят близость к батареям центрального отопления и сухость комнатного воздуха зимой. Такие бонсай лучше держать зимой на застеклённом балконе. Цвет и форма горшка должны гармонировать с растением, это очень важный момент в искусстве бонсай.